Ngôi chùa bị sập không sửa chừa được mải cho đến thế kỷ thứ 14 vua Binnya U (1323-1384) tái thiết ngôi tháp cao 18 metre. Một thế kỷ sau, Hoàng Hậu Binnya Thau (1453-1472) nây chiều cao ngôi chùa lên 40 metre (131 ft) Bà cắt đất cử người châm sốc chùa. Hoàng Hậu Binnya Thau nhường ngôi cho người con rể Dhammazedi năm 1472 thoái về Dagon. Trong khi bịnh bà để giường nằm cao lên để bà có thể nhìn thấy đỉnh chính của ngôi chìa. Chùa có ghi lại những cuộc trùng tu từ năm 1436 and hoàn tất trong khi trị vì của Dhammazedi. Kể từ thế kỷ thứ 16, chùa Swedagon đã trở thành nơi Phật Giáo hành hương nổi tiếng của Miến Điện.